Shinichi Kudo, detektif SMA yang memiliki kemampuan luar biasa dalam menganalisa kasus-kasus kriminal terkena suatu masalah besar ketika tiba-tiba dirinya menjadi mengecil setelah diberi minum obat misterius, yang kemudian diketahui adalah racun berkode APTX 4869, oleh 2 anggota Organisasi Hitam yaitu Gin dan Vodka. Saat kejadian itu Shinichi dan Ran Mouri sedang berkencan di sebuah taman tema (theme park) yang bernama "Tropical Land". Kemudian, Shinichi bertemu dengan dua orang yang mencurigakan, dan Shinichi pun membuntuti mereka. Karena keasyikan mengintip transaksi gelap yang dilakukan Vodka dengan seorang usahawan, tanpa sadar Shinichi dipukul oleh Gin, dan dicekoki obat misterius yang dimaksud untuk membunuh Shinichi.
Namun ternyata obat tersebut tidak membunuh Shinichi, melainkan terjadi efek samping dari obat tersebut yang mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti bocah berusia tujuh tahun. Setelah dia sadar tubuhnya menjadi kecil, dia pun memberitahukan bahwa tubuhnya telah menyusut kepada Profesor Agasa, tetangganya yang merupakan seorang peneliti. Mulanya Profesor Agasa tidak percaya, namun karen Shinichi yang tubuhnya mengecil itu menunjukkan kemampuan analisisnya yang luar biasa, maka Profesor Agasa pun percaya bahwa dia adalah Shinichi Kudo yang tubuhnya mengecil.
Karena teman sejak kecil Shinichi, Ran Mouri, memiliki firasat buruk terhadap Shinichi, maka Ran pun mencari- cari Shinichi. Tempat yang pertama dicari Ran adalah rumah Shinichi. Kebetulan Profesor Agasa dan Shinichi yang tubuhnya menyusut ada disana, ketika Ran Mouri menanyakan nama dari bocah kecil yang sebenarnya Shinichi yang tubuhnya menyusut, dia menyebutkan bahwa namanya adalah "Conan Edogawa". Nama "Conan" berasal dari nama pengarang buku detektif terkenal Sherlock Holmes, Sir Arthur Conan Doyle, sedangkan nama "Edogawa" berasal dari nama Edogawa Ranpo. Edogawa Ranpo adalah pengarang novel detektif yang paling terkenal di Jepang. Conan lalu mulai mencari tahu seluk beluk organisasi misterius tersebut sambil tinggal di rumahnya Ran Mouri yang berada di daerah Beika. Nama Beika merupakan rujukan dari nama jalan tempat tinggal Sherlock Holmes (Baker Street).
Karena mengecilnya tubuh Shinichi, pada mulanya analisis Conan sama sekali tidak dipercaya karena dianggap sebagai anak kecil. Jadi, Conan terpaksa membuat ayah Ran, Kogoro Mouri, yang merupakan seorang detektif payah, untuk memecahkan berbagai kasus kejahatan, dengan harapan dapat melacak jejak organisasi tersebut. Kemudian kisah selanjutnya menjadi semakin rumit dan melibatkan berbagai individu. Conan didaftarkan oleh Profesor Agasa ke dalam SD Teitan sebagai murid kelas 1 SD pindahan dari daerah lain. Sekolah TeiTan merupakan permainan kata dalam bahasa Jepang (TanTei= Detektif). Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun karena kecerdikkan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.
Anggota Organisasi Hitam yang telah diketahui adalah Gin, Vodka, Vermouth, Pisco, Tequilla, Calvados, Chianti, Kir , Kusuda Rikumichi, Akemi Miyano, Sherry, Bourbon, Rye, Hell Angel, serta Big Boss yang selalu ditampilkan secara blur/ kabur dan selalu disebut oleh Gin sebagai Anokata (orang itu).
Bab dari manga Detektif Conan ditulis dan diilustrasikan oleh Aoyama Gosho. Di Jepang, mereka telah diterbitkan di Shogakukan's Weekly Shonen Sunday sejak tahun 1994. Sejak premier Detektif Conan, lebih dari tujuh ratus bab telah dirilis di Jepang. Masing-masing bab dikumpulkan oleh Shogakukan dalam serangkaian volume Tankōbon. Jilid pertama ini dirilis pada 18 Juni 1994; sampai dengan 18 Agustus 2009, enam puluh lima volume telah dirilis. Viz Media (penerbit Detektif Conan dalam versi Amerika Serikat) merilis volume pertama pada 7 September 2004, dengan tiga puluh dua jilid dirilis per 27 November 2009. Elex Media Komputindo merupakan penerbit Detektif Conan dalam versi Bahasa Indonesia.
Spesial TV dari seri Detektif Conan hanya ada satu untuk saat ini yaitu Lupin III vs Detective Conan (ルパン三世 vs 名探偵コナン "Lupin Sansei vs Meitantei Conan")
